V období třicetileté války obléhali Znojmo Švédové, kteří si vynutili velké výpalné. Po bitvě na Bílé hoře se ve městě v roce 1628 koná zemský sněm, na němž bylo pro Moravu vyhlášeno obnovené zřízení zemské, uzákoňující dědičnost Habsburků na českém trůnu, rekatolizaci a germanizaci.
Koncem 17. století bylo město postiženo epidemií moru, která si vyžádala téměř 800 obětí. Znojmo zasáhly i napoleonské války, poprvé v roce 1805, kdy tudy prošli Rusové i Francouzi před bitvou u Slavkova, a podruhé roku 1809, kdy se v blízkosti Znojma odehrála bitva mezi rakouskými a francouzskými vojsky. Znojemský hrad ztratil po porážce Turků u Vídně roku 1683 svůj strategický význam a ve zpustlém stavu jej císař Josef I. prodal Maxmiliánovi Františkovi z Deblína a jeho bratrovi, kteří jeho západní část přestavěli na zámek 171?-1721 (snad podle plánu Jana Bernarda Fischera z Erlachu). Ve východní části zřídili pivovar. Od roku 1784 byl hrad využíván jako kasárna a špitál a od roku 1921 slouží Jihomoravskému muzeu. Z původního hradu se zachovala pouze na druhém nádvoří románská rotunda sv. Kateřiny a do roku 1892 zde stála i takzvaná Loupežnická věž. Další rozvoj města Znojma nastal až v 19. století s vybudováním císařských silnic do Brna, Prahy a Vídně a v souvislosti s nalezením ložisek kaolínu (keramický průmysl.
Díky příhodným klimatickým podmínkám se zde daří vinařství a ovocnářství. Znojmo se stalo proslulé rovněž okurkami, jejichž pěstování na Znojemsku zavedl roku 1571 loucký opat Jiří II. Dnes se město stalo opětovně centrem vinařství a cílovým místem milovníků přírody a to zejména zásluhou nově vzniklého Národního parku Podyjí.